Kimimaro es el último superviviente del Clan Kaguya. El Clan Kaguya usaba sus huesos como armas, podían hacer cuanto quisieran de estos y atacar con ellos. Lo único que lo complacían eran las guerras, pero Kimimaro no compartía este espíritu de lucha. El Clan Kaguya decide atacar la villa de la oculta de la niebla dirigidos por Katemaro Kaguya, el jefe del clan y el padre de Kimimaro. Es entonces cuando Kimimaro se dirige a la batalla y por el camino se encuentra a varios individuos (sólo en el anime); a Zabuza Momochi con Haku de aprendiz y a Orochimaru que le indica donde está la batalla. Al final la villa oculta de la niebla consigue acabar con todos los Kaguya, y kimimaro es el único que sobrevive. Poco después, este decide irse con Orochimaru.