Minato fue alumno de Jiraiya, uno de los sannin, pero se desconoce la identidad de sus compañeros de equipo. Más tarde, se convirtió en el sensei jōnin de Kakashi Hatake, Rin, y Obito Uchiha. En esta época ya era una leyenda entre los ninjas de Konoha y las demás aldeas, y temido por el enemigo por sus habilidades, al punto que durante la Tercera Guerra Ninja se dio una orden de que si se le veía, debian huir de inmediato. Minato desarrolló el Rasengan,una tecnica incompleta, que segun kakashi, solo puede ser completada por naruto. Debido a su gran experiencia en batalla y a su talento, fue postulado al puesto de Hokage por Sarutobi, que entonces ocupaba el cargo, mostrando así que no confiaba en Orochimaru, su propio alumno. Al convertirse en Hokage, Konoha vivió una corta época de paz, que pronto se rompió con la llegada del Kyūbi. Para poder contener el poder de este Bijū, usó el Fūin jutsu: shiki fūjin, una técnica prohibida de sellado con la que pudo encerrar al zorro dentro de su hijo recién nacido, Naruto Uzumaki, al precio de pasar el resto de la eternidad con su alma siendo devorada por el Dios de la Muerte que había invocado para realizar el sello. Su última voluntad fue que Naruto fuese reconocido como un héroe por salvar a la aldea, pero esta petición no fue honrada por los aldeanos. El cuarto Hokage es el padre de Naruto, esto se confirma en una charla de Jiraiya y Tsunade. También dicen que Naruto se parece a su madre, Kushina Uzumaki, en su personalidad y su forma de pelea, y a su padre físicamente.